Hlavní pevnost na levém břehu řeky sloužila během druhé světové války nacistickému Německu jako židovské ghetto. Malá pevnost na pravém břehu Ohře, umístěná při silnici do Prahy, pak smutně proslula coby věznice pražského gestapa (mnohdy se nesprávně uvádí, že zde byl zřízen koncentrační tábor). Pro tyto účely nacisté zřídili zvláštní železniční vlečku, která vedla z blízkého nádraží Bohušovice nad Ohří od jihu až za jižní hradby Hlavní pevnosti. V době 2. světové války pak nacisté přímo z ulic města odváželi zvláštními transportními vlaky zde soustředěné židovské obyvatelstvo přímo do likvidačních táborů smrti Osvětim, Majdanek, Treblinka, Sobibor, Chelmno a dalších, umístěných v Polsku a na dalších okupovaných územích východní Evropy.
V Terezíně zemřelo na 35 000 vězňů. Mrtví byli nejprve pohřbíváni v prostoru Bohušovické kotliny, kde postupně vznikl Židovský hřbitov. Národní hřbitov před Malou pevností byl zřízen uměle až po válce. Celkem 2 386 jednotlivých urnových i kostelních hrobů a pět hromadných hrobů, v nichž jsou pochovány tisíce dalších, zde přípomíná hrůzy páchané v Terezíně za druhé světové války. Celkem je zde pohřbeno asi 10 000 lidí. Národní hřbitov byl zřízen roku 1945 a slavnostního pohřbu 601 vězňů z hromadných hrobů, jejichž tělesné ostatky byly exhumovány, se mimo jiné zúčastnili Jan Masaryk a Milada Horáková. V průběhu let přibýval na hřbitově další nalezený popel lidských obětí. Ještě roku 1958 byl nedaleko podzemní továrny Richard nalezen hrob s lidským popelem. V listopadu roku 1944 totiž nacisté nařídili zlikvidování uren, uchovávaných dosud v Kolumbáriu. Většina popela byla rozprášena do Ohře v místech, kde se dnes nachází stylizovaná kamenná urna. Zbytek byl odvezen do Litoměřic a zakopán v blízkosti zmíněné továrny.
Muzeum gheta
Otevřeno v roce 1991 v budově bývalé terezínské školy. Expozice vznikla ve spolupráci s bývalými vězni terezínského ghetta.
